水質是任何魚菜共生系統操作的重要元件之一。生產者採取必要措施，確保所有進入的水是乾淨和安全的。

生產者必須遵守所有當地縣市政府用於農業生產要求的水源法規。

自來水是最安全的水源，若使用地下水(井水)需檢驗是否有重金屬汙染，農場可以取水後送各地農改場檢驗。使用雨水需沉澱後使用，並注意監控水的酸鹼值。

本會推出的魚菜共生農場基礎認證辦法。依據聯合國農糧組織(FAO)所訂定的-永續發展原則的精神，以及國際上對於魚菜共生(Aquaponics)所認知的準則。